傳統的工業PC機箱內空氣流動不暢，不能有效散熱。空氣流動因為無源底版、板卡支架和磁盤驅動器所阻塞。冷空氣不能在所有板卡間循環流動，熱空氣也不能立即排出機箱外。電子設備和電路板會因這些冷卻問題而損壞，使之變形，斷線以及壽命短等。Compact PCI系統為系統中所有發熱板卡提供了順暢的散熱路徑。冷空氣可以隨意在板卡間流動，并將熱量帶走。集成在板卡底部的風扇系統也加速了散熱進程。由于良好的機械設計帶來通暢的散熱途徑，Compact PCI系統極少出現散熱方面的問題。